在万方免费查重结果中，处理学术争议的方法主要包括：1.与相关人员进行沟通，了解对方观点并寻求解决方案；2.参考学术道德规范，保持学术诚信，如有必要可以进行修改或撤稿；3.寻求第三方专业机构或专家的意见，进行学术调解。

另外，在万方免费查重结果中，还可以通过学术论坛、学术期刊编辑部等渠道进行学术争议处理。这些渠道可以帮助学者们就学术观点展开讨论，促进学术交流，最终达成共识。同时，遵循学术规范，尊重学术原创性和学术诚信，是处理学术争议的基本准则。